El VI Programa Marc concentra la major part dels fons d’investigació al voltant de les Àrees Temàtiques (Activitats) clarament definides amb l’objectiu de crear valor afegit europeu, mitjançant l'acumulació d’una massa crítica de recursos.

Per això, les set Prioritats Temàtiques, a les quals s’han destinat 11.285 Meur dels 17.500 Meur, utilitzaran de forma prioritària els nous instruments (tipus de projectes) creats pel VI PM, Xarxes d’Excel·lència i Projectes Integrats. També es preveu la utilització dels instruments més tradicionals: Projectes específics d’investigació, Accions de coordinació i Accions de recolzament específic.